„Drei historische Orgeln in dieser Anordnung dürften in Europa einmalig sein.“ So drückt es Johann Th. Blüchel in der Festschrift „Ebrach - 200 Jahre nach der Säkularisation 1803“ aus. Auch Hanns Dennerlein spricht in der Festschrift „Ebrach 1127-1977“ von „einer unvergleichlichen Trias der großen Seuffertorgel und der beiden Köhlerorgeln.“
Auch wenn die Hauptorgel nach ihrer Erweiterung als moderne Konzertorgel nur mehr wenig Seuffert enthält, auch wenn es andernorts (Chor-)Orgelpaare oder sogar drei oder mehr Orgeln gibt, haben die historischen Ebracher Chororgeln ein Alleinstellungsmerkmal: sie sind von Anfang an für das Zusammenspiel beider Ogeln angeordnet worden. Beide Spieltische sind seitenspielig so angeordnet, dass sich die Organisten diagonal gegenübersitzen und jederzeit Blickkontakt haben können.
Im 18. Jh. erfolgte unter dem musikbegeisterten Abt Hieronymus Held in den Jahren 1743 bis 1760 die Großtat der Vergabe von drei Orgeln für das Kloster:
Die Hauptorgel an den berühmten Würzburger Hoforgelbauer Johann Philipp Seuffert und die Vergabe der beiden Chororgeln an den Frankfurter Orgelbauer Johann Christian Köhler.
Sie wurden von berühmten Orgelvirtuosen als Meisterwerke der Orgelbaukunst bezeichnet und bis zur Säkularisation 1803 zweimal jährlich gewartet. Dies zeigt die hohe Wertschätzung und Bedeutung.
Danach wurden sie ihrem Schicksal überlassen, verfielen allmählich bis sie schließlich 1954 wieder in den Blickpunkt traten und renoviert wurden.
Zur Hauptorgel auf der Westseite (sog. Seuffert-Orgel):
Nach dem Bau der Westempore im Jahre 1702 durch Abt Paulus Baumann erhielt die Klosterkirche eine großzügige Musikbühne.
Dorthin wurde das Werk der größeren der beiden Chororgeln verlegt. Diese Orgel wurde seitdem als Hauptorgel genutzt (ab jetzt drei Orgeln in der Kirche).
Abt Hieronymus Heldt ließ 1742/43 diese Orgel durch den Würzburger Hoforgelbauer Johann Philipp Seuffert erneuern.