Das Kloster Ebrach wurde als erstes rechtsrheinisches Zisterzienserkloster im Jahre 1127 gegründet. Gründer war ein Edelfreier oder Ministeriale Berno, der selbst als Laienbruder in das Kloster eintrat. Die Klostertradition nennt als Mitstifter noch Bernos Bruder Richwin und seine legendäre Schwester Berthrade sowie den späteren Stauferkönig Konrad III. (1138-1152). Jedenfalls bestanden enge Beziehungen zum König, dessen Gattin (+1146) und Sohn Friedrich (+1161) in Ebrach beigesetzt wurden.
Die Besiedlung des Klosters erfolgte vom vierten Stammkloster des Ordens Morimond in Frankreich. Unter dem ersten Abt Adam, ein vertrauter Mitarbeiter des Hl. Bernhard, der mit zwölf Mönchen in die Wildnis nach Oberfranken kam, blühte das Kloster auf. Dank seines großen umliegenden Grundbesitzes wurde Ebrach eines der wohlhabendesten Klöster Frankens. Eine Reihe von ländlichen Amts- und Wirtschaftshöfen diente der Verwaltung dieses Besitzes, dazu kamen weitere Amtshöfe in den benachbarten städtischen Zentren (Bamberg, Würzburg, Schweinfurt, Nürnberg).
Die erste Klosterkirche dürfte die kleine Michaelskapelle an der Nordseite des Querschiffes der heutigen Kirche sein, die am 7. Oktober 1134 durch Bischof Embricho von Würzburg geweiht wurde. Die drei Grundsteine der berühmten Basilika des Klosters, welche die Symbole der heiligen Dreifaltigkeit trugen, wurden am 4. Juni 1200 gelegt. Die Weihe der fertiggestellten Kirche erfolgte vermutlich am 9. September 1285 durch den Würzburger Bischof Berthold von Sternberg.
Der Kirchenbau gilt als einer der großartigsten Werke frühgotischer Baukunst. Über dem kreuzförmigen Grundriss erhebt sich eine dreischiffige Wölbebasilika und ein Querhaus. An der Westseite des Kirchenschiffs befindet sich die farbenprächtige Fensterrosette.
1803 wurde das - zu dieser Zeit noch von 51 Mönchen und 10 Laienbrüdern bewohnte - Kloster im Zuge der Säkularisation aufgehoben und in bayerischen Staatsbesitz überführt. Der letzte Abt Eugen Montag starb als Staatspensionist auf dem Klosterhof Oberschwappach. Die Klosterkirche wurde 1803 zur Pfarrkirche der neuen Pfarrei Ebrach, in den Klostergebäudlichkeiten wurde ab 1851 ein Gefängnis untergebracht. Der Ort Ebrach entwickelte sich zur Marktgemeinde. Die bedeutendste kulturelle Leistung des Klosters, seine Baukunst, blieb glücklicherweise in der Hauptsache erhalten.