Der Innenraum der ehemalichen Klosterkirche wird trotz der einschneidenden Dekorationen des späten 18. Jahrhunderts immer noch von der mittelalterlichen Struktur beherrscht.
Vom mittelalterlichen Bauschmuck sind in den Chorkapellen noch Eckdienste, hinter den Orgeln Reste von Diensten und Kapitelen zu sehen. Erhalten sind die Gewölbeschlusssteine, deren charakteristische Ornamentik die Baugeschichte widerspiegelt ( im Westen Blattwerk und Laubköpfe).
Die frühklassizistische Umgestaltung erfolgte in den Jahren 1778-1791 durch den Würzburger Hofstukkator Materno Bossi, der 1776 ein Modell vorlegte; ein großer Teil der Bildhauerarbeiten stammt von Johann Peter Wagner. Bossis Dekoration, die mehr auf großflächige Wirkungen als auf Feinheiten ornamentaler Details angelegt ist, hat den mittelalterlichen Raum elegant verfremdet.
Der mächtige, die ganze Hochwand einnehmende Hochaltar von 1778/80 zeigt in Aufbau und Figuren deutliche Nachklänge des Rokoko. Das große Altarblatt stellt die Himmelfahrt Mariens dar, darüber sind die Wappen des Ordens, des Klosters und des damaligen Abtes angebracht.
An der nördlichen Stirnwand des Querschiffes steht der aus Sandstein und Alabaster gefertigte Renaissancealtar des Hl. Bernhard von 1623/26, Hauptwerk des
Veit Dümpel aus Nürnberg. Er war ursprünglich für die chornahe südliche Querhauskapelle bestimmt. In dem monstranzartig aufgebauten, künstlerisch wertvollen Werk trifft ein gotischer Nachhall auf die Vorahnung kommenden Barocks.
Prunkstück der Kirche ist das Pfingstwunder von J.B. Brenno 1696/97. Die Tür zur Sakristei ist zu einem mächtigen barocken Portalrahmen ausgeweitet, auf dessen Balkon die erregte Gruppe der Jünger und Maria steht, während vom Fenster darüber die Fülle des Hl. Geistes herabströmt. Beiderseits des Portals stehen die Holzfiguren des Stifters Berno und des ersten Abtes Adam.
Die Michaelskapelle ist die Grablege des Klosterstifters Berno. Der vom Klassizismus verschonte, kunstgeschichtlich bedeutsame Bau wurde im 1. Jahrzehnt des 13. Jh. als erster Abschnitt des kirchlichen Neubaues vollendet (Weihe 1207).
Die Kirche besitzt drei historische Orgeln. Die beiden Chororgeln haben noch ihre originalen barocken Werke von J.C. Köhler, Frankfurt (1753 und 1759/60) bewahrt. Den westlichen Abschluß des Mittelschiffes bildet die um 1704 errichtete Orgelempore mit der 1742/43 erbauten Hauptorgel. Ihr Prospektgebälk umfängt mit musizierenden Engeln und Wappenschildern wirkungsvoll die Fensterrose.
Hinter der Hauptorgel erhebt sich an der Westfassade die prächtige Fensterrosette: 20 radförmige, von einem Ring ausstrahlende Streben lösen sich in einem breiten Maßwerkkranz auf, der durch Zwickel zum Quadrat ergänzt wird.