Der linke Seitenaltar erinnert an die Jesuitenkirche. Es ist der Geißelheiland dargestellt. Er stammt aus Oberösterreich und wurde im 17. Jahrhundert gefertigt. Er wird flankiert von Heiligen des Jesuitenordens: Ignatius von Loyola, dem Gründer des Ordens, und dem Heiligen Franz Xaver, dem Schutzpatron der Missionare.
Der rechte Seitenaltar zeigt die Strahlenmadonna und vermittelt mit seinen Heiligenfiguren ein Stück Diözesangeschichte. Die seitlichen Figuren stellen Bischof Kilian von Würzburg und Kaiser Heinrich von Bamberg dar.